南京地铁集团有限公司成立于2012年6月18日，集团定位为资金的平台、资产的平台、资源的平台，以资金、资产、资源为纽带，通过建立和完善公司治理机制、业务管控机制、财务监管机制、干部聘用机制、绩效考核机制、项目管理机制和资金平衡机制等七大配套机制，协同好与建设、运营、资源开发三个子公司的关系，促使三家子公司集中精力完成好南京地铁自身建设、运营和资源开发任务。

南京地铁建设有限责任公司定位为工程建设管理公司，其建设项目受集团公司委托，按照土建工程分线建设、领导分兵把守，招标、技术、设备集中管理的模式实施工程建设监管，并在地铁指挥部的领导下，实施对自建项目、BT项目、代建项目的统一管理。

南京地铁运营有限责任公司定位为营运服务公司，受集团公司委托，负责现有85公里线路的运营管理、乘客服务及设施设备的维修保养，同时担负起网络化运营的筹备工作，包括人员招聘、培训、参与新线调试、设施设备接管等。

南京地铁资源开发有限责任公司定位为资源管理公司，受集团公司委托，对地铁关联资源实施经营管理，业务范围包括土地(上盖物业)开发、物业管理、资源经营三大板块。